После победы над Цукасой Королевство Науки продолжает развиваться. Сэнку Исигами понимает, что для освоения океана им нужен опытный моряк. Он решает расконсервировать Рюсуя Нанами, гениального штурмана и жадного капиталиста. Вместе они отправляются в плавание, чтобы найти необходимые ресурсы и построить корабль, способный пересечь океан. Новые открытия, приключения на воде и испытания ждут Сэнку и его команду в этом продолжении истории о возрождении цивилизации с помощью науки.